Llegó a Quibdó Gonzalo Zúñiga, procedente del Cauca, quien solicitó salvar a una generación que amenazaba perderse.

Así fue como el 10 de Octubre del año de 1905, merced a los buenos, encaminados y autorizados esfuerzos del maestro Gonzalo Zúñiga se abrieron por primera vez al público de Quibdó, con un puñado de alumnos, bajo la inmediata dirección del Dr. Gonzalo Zúñiga, asesorado por los mejores intelectuales de Quibdó.

En 1907 tomó el nombre de Instituto Pedagógico, el cual estaba ubicado en la carrera 3ª en una casa donde más tarde funcionara por muchos años en Banco del Comercio. Posteriormente, en 1911, fue trasladado a otra casa contigua a la Catedral de Quibdó.

En 1912 tomó el nombre de Escuela Superior con Orientación Pedagógica y Comercial.

En 1915, el entonces intendente Rubén Santacoloma le asignó el nombre de Carrasquilla, y nombro como rector a su hermano caldense don Miguel Agustín Santacoloma. Laboraron en una casa de madera, en la carrera 2ª donde funcionó la Universidad Tecnológica del Chocó.

En 1936, se le trasladó a una casa a orillas del río Atrato, donde tuvo sede después la policía y hoy sede del Sena.

En el año 1938, estuvo ubicado en la casa posterior y lateral donde estaba el teatro César Conto. Finalmente Jorge Valencia Lozano fue construida su sede propia por el ingeniero y arquitecto Luis Llach Llostera, quien lo diseño en 1925 y lo finalizó  en 1942, en el centenario de su nacimiento, sobre la antigua plaza Tomas Pérez e introdujo el concreto y la piedra artificial como una manera de hacer frete al clima húmedo de la selva chocoana.

El colegio Carrasquilla recibió el honorífico título de Alma Mater del Chocó, para que cada chocoano sea antorcha de su destino. Alma Madre, pues ha engendrado los mejores artistas en sus aulas: poetas, compositores, músicos, escritores, gobernadores y alcaldes de nuestro departamento.